手術室凈化至關重要，容不得半點馬虎，須按照操作規(guī)程來進行消毒凈化，是對每一位病患的負責。手術室凈化手術室須嚴格劃分為限制區(qū)(無菌手術間)、半限制區(qū)(污染手術間)和非限制區(qū)。三區(qū)分隔開的設計有二：一為將限制區(qū)與半限制區(qū)分設在不同樓層的兩部分，這種設計可徹底進行衛(wèi)生學隔離，但需二套設施，增加工作人員，管理不便；二為在同一樓層的不同段設限制區(qū)和非限制區(qū)，中間由半限制區(qū)過渡，設備共用，這種設計管理較方便。合理的操作和正確的使用，對系統的使用周期(lifetime)，凈化質量以及手術室的潔凈度等都起著十分明顯的作用，機組的開啟與手術室的使用是密切相連的，值得我們注意的有一下幾點。
1、為保證室內有足夠的潔凈的新鮮空氣，手術進行前半個小時要啟動凈化機組。凈化手術室由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩(wěn)定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。由于歐美手術室潔凈標準與中國環(huán)境存在細微差別，常規(guī)的國際標準和國內區(qū)域行業(yè)標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩(wěn)定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。
2、為了清潔室內墻壁、地板等，維持一個良好的潔凈狀態(tài)，手術結束后，清潔。手術室裝修層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），使氣流從潔凈度高的手術區(qū)域流向潔凈度低的區(qū)域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。消毒工作應在機組運行中進行，結束后不要馬上停機，機組還要繼續(xù)運行，時間不小于30分鐘。
3、由于溫度（temperature)不僅是人員舒適性問題，合適的溫濕度是維持一個良好的潔凈狀態(tài)的必需條件，所以手術過程中若出線溫、濕度不受控制（control)，偏離設定值。巡回護士應及時通過護士站立即聯系機組工作人員進行調節(jié)
4、已完成凈化待用的手術間，如果有人進入就要開機運行，目的就是防止室內再次被污染。
總之，凈化的運行與管理，是醫(yī)院全面管理及潔凈手術室綜合管理的一部分，它包含著設備、物資、技術、品質（Character)和環(huán)境的管理。對其進行有序的管理。不但有利于患者，更有利于人們的身體就健康。