醫(yī)療凈化工程在初步建設(shè)完畢之后接下來的步驟（procedure)就是進行裝修設(shè)計，特別是高級別的手術(shù)室凈化對于室內(nèi)裝飾有著非常嚴格的要求，使其在滿足功能要求的前提下，減少因材料和構(gòu)造而產(chǎn)生或積聚的塵菌（fungus)，這對預防污染、降低（reduce)術(shù)后感染率是至關(guān)重要的。無菌手術(shù)室裝修不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術(shù)室的空氣首先須經(jīng)高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），使氣流從潔凈度高的手術(shù)區(qū)域流向潔凈度低的區(qū)域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌無菌手術(shù)室凈化一般多采用垂直層流式效果較好　層流手術(shù)室是一個"正壓"環(huán)境，其空氣壓力根據(jù)其不同區(qū)域（如手術(shù)間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區(qū)域等）潔凈度不同要求而不同。
手術(shù)室凈化地面裝修
由于地面的污染度比墻和吊頂要高得多，大量塵粒由于醫(yī)護人員在地板上的走動和各種設(shè)備的移動而產(chǎn)生，故地面裝修應引起設(shè)計人員的重視。無菌手術(shù)室凈化同級別的層流手術(shù)室其空氣潔凈度標準不同，例如國內(nèi)標準I級層流手術(shù)室的標準為潔凈度5級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數(shù)，≤100顆或每升空氣中≤3.5 顆。II級層流手術(shù)室的標準為潔凈度6級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數(shù)，≤1000顆或每升空氣中≤35顆。地面裝修應做到平整、光滑、耐磨、耐侵蝕(酸、堿、藥)、易清潔。國內(nèi)常采用現(xiàn)澆水磨石，取其光滑、耐磨、不起塵、防靜電(是一種處于靜止狀態(tài)的電荷)、易清洗之長，但不宜采用過氧(Oxygen)乙酸稀釋(dilute)液洗消，否則會與堿性的水泥（材料:粉狀水硬性無機膠凝材料)起反應導致麻面。
較高檔的地面裝修可選用橡膠(Rubber)、聚胺脂(polyurethane)涂料、樹脂類板材等，如在歐美、日本的許多醫(yī)療手術(shù)環(huán)境中，都采用了彈性塑膠(相關(guān)聯(lián)事物:塑料)卷材作地面材料。它最顯著的優(yōu)點，就是少接縫(通常采用熱熔焊接進行卷材間的連接，焊條由與卷材相同的塑膠材料制成)，可避免污物及特殊結(jié)構(gòu):莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛的堆積，另外，它還具有耐污易潔、腳感舒適、花紋款式多樣、安裝及更換簡便等水磨石無法比擬的優(yōu)點。
在垂直手術(shù)室凈化，如采用地面或地溝回風，回風部位面板應選用塊狀活動隔柵地板。地面不宜設(shè)地漏，否則應設(shè)高水封地漏，以防透氣污染潔凈室內(nèi)空氣。
手術(shù)室凈化吊頂裝修
頂棚底面需布置與安裝高效過濾器(作用:過濾雜質(zhì)等)送風口、照明燈具、煙感滅火器等，各種管線均需隱蔽在頂棚內(nèi)，故頂棚部分是手術(shù)室凈化內(nèi)部裝修的重點部位。頂棚以輕鋼龍骨及大塊面板材料做吊頂為宜，吊頂上風管等振動影響較多，故控制（control)振動脫落比控制（control)材料表面硬度（Hardness)更重要。吊頂罩面材料宜采用密封膠灌縫或壓條密封，使之形成整體，防止吊頂上部空間的灰塵通過縫隙污染潔凈手術(shù)室的氣流。
手術(shù)室凈化門窗裝修
在無窗的手術(shù)室凈化工程中，醫(yī)護人員及病患者因與外界完全隔絕，都容易產(chǎn)生抑郁、“被監(jiān)禁”等不良感覺，不利于手術(shù)順利進行(尤其是時間較長的大型手術(shù))。因而筆者認為，潔凈手術(shù)室可根據(jù)實際情況，適當設(shè)置窗戶，改善手術(shù)室內(nèi)的環(huán)境氣氛，同時利于室外醫(yī)護人員及時了解手術(shù)情況，不必入內(nèi)即可與室內(nèi)人員進行溝通。
手術(shù)室凈化工程門位設(shè)置與氣流流向和手術(shù)床有很大關(guān)系，在水平層流手術(shù)室，門位設(shè)在下風向，在其他手術(shù)室，門設(shè)在病人腳的方向，可以防止進出人流對病人的影響。